Due sale del Museo sono dedicate alle sculture che decoravano vari ambienti del monastero risalenti al XV, XVI e XVII sec. e alle statue lignee di varia epoca e provenienza.

Sono presenti alcuni tabernacoli: il primo risale al pieno Rinascimento in cui è palesemente visibile la testa in bassorilievo di San Pietro; un altro, fiorentino, datato verso la metà del XV sec. con Cristo in Pietà.

Vengono conservati anche un leone medievale in pietra, una statua di San Benedetto, datata 1488 e opera del monaco scultore Fra Celso e un’acquasantiera del XVI sec.

La sala delle statue lignee presenta opere databili tra il XV e il XVI sec: sue statue di Madonna con il Bambino, San Sebastiano, San Giovanni Battista e S. Nicola da Mira.